（2003年3月20日财政部、国家环境保护总局令第17号公布）
第一章 总则
第一条 为了加强和规范排污费资金的收缴、使用和管理，提高排污费资金使用效益，促进污染防治，改善环境质量，根据《排污费征收使用管理条例》，结合环境保护工作实际，制定本办法。
第二条 排污费资金纳入财政预算，作为环境保护专项资金管理，全部专项用于环境污染防治，任何单位和个人不得截留、挤占或者挪作他用。
第三条 环境保护专项资金按照预算资金管理办法，坚持“量入为出和专款专用”的原则。
第四条 排污费资金的收缴、使用必须实行“收支两条线”，各级财政和环境保护行政主管部门应当建立健全各项规章制度，对排污费资金收缴、使用进行严格管理，加强监督检查。
第二章 排污费资金的收缴管理
第五条 排污费按月或者按季属地化收缴。
装机容量30万千瓦以上的电力企业的二氧化硫排污费，由省、自治区、直辖市人民政府环境保护行政主管部门核定和收缴，其他排污费由县级或市级地方人民政府环境保护行政主管部门核定和收缴。
第六条 排污者依照《排污费征收使用管理条例》对环境保护行政主管部门核定的污染物排放种类、数量提出复核申请的，如果对复核结果仍有异议，应当先按照复核的污染物种类、数量缴纳排污费，并可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。
第七条 排污者对核定的污染物排放种类、数量无异议的，由负责污染物排放核定工作的环境保护行政主管部门，根据排污费征收标准和排污者排放的污染物种类、数量，确定排污者应当缴纳的排污费数额并予以公告。
第八条 排污费数额确定后，由负责污染物排放核定工作的环境保护行政主管部门向排污者送达“排污费缴费通知单”，作为排污者缴纳排污费的依据。环境保护行政主管部门应当同时建立排污收费台帐。
第九条 排污者应当在接到“排污费缴费通知单”7日内，填写财政部门监制的“一般缴款书”（五联），到财政部门指定的商业银行缴纳排污费。
对于未设银行帐户的排污者以现金方式缴纳的排污费，由执收的环境保护行政主管部门使用省、自治区、直辖市财政部门统一印制的行政事业性收费票据，向排污者收取款项，并填写“一般缴款书”于当日将收取的款项缴至财政部门指定的商业银行。
第十条 商业银行应当在收到排污费的当日将排污费资金缴入国库。国库部门负责按1:9的比例，10％作为中央预算收入缴入中央国库，作为中央环境保护专项资金管理；90％作为地方预算收入，缴入地方国库，作为地方环境保护专项资金管理。
第十一条 收缴排污费的环境保护行政主管部门应当根据“一般缴款书”回联，认真核对排污费缴库数额，及时与国库对帐，并将“一般缴款书”回联与对应的“排污费缴费通知单”存根一并立卷归档。
第十二条 各省、自治区、直辖市财政、环境保护行政主管部门应当在每季度终了后的30日内，将本行政区域内排污费资金收缴情况书面上报国务院财政、环境保护行政主管部门。
第三章 环境保护专项资金的支出范围
第十三条 环境保护专项资金应当用于下列污染防治项目的拨款补助和贷款贴息：
（一）重点污染源防治项目。包括技术和工艺符合环境保护及其他清洁生产要求的重点行业、重点污染源防治项目；
（二）区域性污染防治项目。主要用于跨流域、跨地区的污染治理及清洁生产项目；
（三）污染防治新技术、新工艺的推广应用项目。主要用于污染防治新技术、新工艺的研究开发以及资源综合利用率高、污染物产生量少的清洁生产技术、工艺的推广应用；
（四）国务院规定的其他污染防治项目。
环境保护专项资金不得用于环境卫生、绿化、新建企业的污染治理项目以及与污染防治无关的其他项目。
第四章 环境保护专项资金使用的管理
第十四条 国务院财政、环境保护行政主管部门每年应当根据国家环境保护宏观政策和污染防治工作重点，编制下一年度环境保护专项资金申请指南。
地方财政、环境保护行政主管部门可以根据国务院财政、环境保护行政主管部门编制的环境保护专项资金申请指南，制定本地区环境保护专项资金申请指南，指导环境保护专项资金的申报和使用。
第十五条 申请使用中央环境保护专项资金的，应当按照以下程序及要求进行申报：
（一）申报程序：中央环境保护专项资金按照隶属关系以项目形式申报。项目组织实施单位或承担单位为中央直属的，通过其主管部门向国务院财政部门和环境保护行政主管部门提出申请；项目组织实施单位或承担单位为非中央直属的，通过其所在地的省、自治区、直辖市财政、环境保护行政主管部门联合向国务院财政、环境保护行政主管部门提出申请。
（二）申请材料要求：申请材料分正文和附件两部分，正文为申请经费的正式文件，附件为每个项目的可行性研究报告。
项目可行性研究报告内容包括：项目的目的、技术路线、投资概算、申请补助金额及使用方向、项目实施的保障措施、预期的社会效益、经济效益、环境效益等。
申请使用贷款贴息的单位，还应当提供经办银行出具的专项贷款合同和利息结算清单。
第十六条 国务院环境保护行政主管部门对申报中央环境保护专项资金的项目进行形式审查后，国务院财政、环境保护行政主管部门应当组织有关专家进行评审，按项目的轻重缓急及专家评审结果排序，统一纳入项目库管理，并根据财力状况联合下达项目预算。
环境保护专项资金的拨付方式按国家有关规定执行。
第十七条 地方环境保护专项资金的申报、项目评审及预算下达参照本办法第十五条、第十六条执行。
第十八条 财政部门应当将环境保护专项资金纳入年度预算，按项目进度和资金使用计划及时拨付资金，并对环境保护专项资金的专款专用及其他配套资金的到位情况进行监督检查，确保项目按时完成。
第十九条 项目承担单位收到环境保护专项资金后，应当严格按照有关规定组织项目的实施。污染治理项目在实施过程中应当严格执行国家有关招投标管理规定。环境保护行政主管部门应当根据项目进度检查治理技术方案的实施以及污染物总量削减措施的执行。项目完成后，应当根据国家有关规定及时验收。
第二十条 各省、自治区、直辖市财政、环境保护行政主管部门应当于年度终了后的30日内，将排污费征收情况及环境保护专项资金使用情况年度报告上报国务院财政、环境保护行政主管部门。
第五章 排污费资金收缴使用的违规处理
第二十一条 环境保护行政主管部门在排污费收缴工作中，应当严格执行国家的有关法律法规，依法及时足额收缴。对擅自设立排污收费项目、改变收费范围的，同级财政部门应当责令改正，并按照《国务院关于违反财政法规处罚的暂行规定》（国发[1987]58号）予以处罚，对负有直接责任的主管人员和其他直接责任人员按有关规定给予行政处分。
第二十二条 排污者在规定的期限内未足额缴纳排污费的，由收缴部门责令其限期缴纳，并从滞纳之日起加收2‰的滞纳金。
排污者拒不按前款规定缴纳排污费和滞纳金的，按照《排污费征收使用管理条例》的有关规定予以处罚。
第二十三条 环境保护专项资金使用者必须严格按照环境保护专项资金的使用范围确保专款专用，发挥资金使用效益。不按批准用途使用环境保护专项资金并逾期不改的，按照《排污费征收使用管理条例》的有关规定予以处罚。
第二十四条 对弄虚作假、截留、挤占、挪用排污费资金，应收未收或者少收排污费等违反财务制度和财经纪律的行为，应当给予有关责任人员经济和行政处罚；构成犯罪的，移交司法机关处理。
第六章 附则
第二十五条 财政部门应当将收到的环境保护专项资金纳入一般预算收入科目中“排污费收入”核算；对纳入预算支出的环境保护专项资金，应纳入一般预算支出科目中“排污费支出”核算。
项目承担单位对申请取得的环境保护专项资金，应当按照国家统一的财务、会计制度的规定进行相应的财务、会计处理。
第二十六条 本办法由国务院财政部门会同国务院环境保护行政主管部门负责解释。此前与本办法不一致的规定一律以本办法为准。
第二十七条 本办法自2003年7月1日起施行。
